Miquel Anglada Girotto and Robert Frömel, both of whom carried out their doctoral research at the Centre for Genomic Regulation (CRG), are among ten doctoral students recognised with the Doctoral School PhD Extraordinary Award from the Universitat Pompeu Fabra (UPF).

The awards recognise the strongest theses defended in UPF's PhD Programme in Biomedicine, run by the MELIS department. During the 2024–2025 academic year, 106 theses were defended within the programme. Their examination committees put forward 41 to compete for the awards, of which ten were selected by the Special Award Committee. Two of the ten came from research carried out at the CRG.

Anglada Girotto completed his thesis, ‘Charting the alternative splicing vulnerabilities of cancer’, under the supervision of Luis Serrano, together with co-supervisors Samuel Miravet-Verde and Sarah Alexandra DiBartolo.

The work asks how alternative splicing, the process by which a single gene can give rise to multiple protein variants, contributes to cancer, and it develops computational tools to pinpoint the splicing changes most likely to drive tumour development.

Drawing on large-scale cancer datasets, the thesis identified two pan-cancer splicing factor programmes tied to hallmark features of cancer and showed how interactions between splicing factors favour the production of cancer-promoting protein isoforms.

It also introduced a statistical framework for identifying candidate driver exons, surfacing hundreds of cancer-related genes and therapeutically relevant splicing events that mutation-based analyses tend to miss. Together, the findings offer new insight into the role of splicing in cancer and a set of tools for uncovering potential therapeutic vulnerabilities. Part of this work was published in Nature Communications and is described in more detail in our news page.

Frömel completed his thesis, ‘Decoding the regulatory grammar of hematopoiesis using synthetic enhancers’, under the supervision of Lars Velten.

The research set out to understand how enhancers, stretches of DNA that switch genes on and off, control gene activity as blood stem cells specialise into different cell types. Using a synthetic biology approach, more than 64,000 synthetic enhancers were designed from combinations of binding sites for 38 key transcription factors and tested across a range of blood cell states.

The result was a high-resolution map of how these factors work together to regulate genes, along with three underlying principles of enhancer function. The work showed that a given transcription factor can act either as an activator or a repressor depending on cellular context, its combination with other factors, and how strongly it binds DNA, with mathematical modelling revealing that stronger binding can, counterintuitively, dampen or even reverse gene activation.

The thesis provides a predictive framework for understanding gene regulation and for designing enhancers tailored to specific cell states, with potential applications in developmental biology, biotechnology and medicine. Part of this work was published in Cell and is described in more detail in our news page.
 

EN CASTELLANO

Dos investigadores del CRG reciben el Premio Extraordinario de Doctorado de la Escuela de Doctorado de la UPF

Miquel Anglada Girotto y Robert Frömel, que realizaron su investigación doctoral en el Centro de Regulación Genómica (CRG), figuran entre los diez estudiantes de doctorado distinguidos con el Premio Extraordinario de Doctorado de la Escuela de Doctorado de la Universitat Pompeu Fabra (UPF).

Estos premios reconocen las mejores tesis defendidas en el programa de doctorado en Biomedicina de la UPF, gestionado por el departamento MELIS. Durante el curso académico 2024-2025 se defendieron 106 tesis en el marco del programa. Sus tribunales correspondientes propusieron 41 para competir por los premios, de las cuales diez fueron seleccionadas por el comité del Premio Extraordinario. Dos de las diez proceden de investigaciones realizadas en el CRG.

Anglada Girotto completó su tesis, "Charting the alternative splicing vulnerabilities of cancer", bajo la dirección de Luis Serrano y la codirección de Samuel Miravet-Verde y Sarah Alexandra DiBartolo.

El trabajo analiza cómo el splicing alternativo, el proceso por el cual un mismo gen puede dar lugar a múltiples variantes proteicas, contribuye al cáncer, y desarrolla herramientas computacionales para identificar los cambios de splicing con mayor probabilidad de impulsar el desarrollo tumoral.

A partir de conjuntos de datos de cáncer a gran escala, la tesis identificó dos programas de factores de splicing comunes a distintos tipos de cáncer, vinculados a características distintivas de la enfermedad, y mostró cómo las interacciones entre factores de splicing favorecen la producción de isoformas proteicas que promueven el cáncer.

Asimismo, introdujo un marco estadístico para identificar exones potencialmente conductores del cáncer, que sacó a la luz cientos de genes relacionados con la enfermedad y eventos de splicing relevantes desde el punto de vista terapéutico que los análisis basados en mutaciones suelen pasar por alto. En conjunto, los resultados aportan una nueva perspectiva sobre el papel del splicing en el cáncer y un conjunto de herramientas para descubrir posibles vulnerabilidades terapéuticas. Parte de este trabajo se publicó en Nature Communications y se describe con más detalle en nuestra página de noticias.

Frömel completó su tesis, "Decoding the regulatory grammar of hematopoiesis using synthetic enhancers", bajo la dirección de Lars Velten.

La investigación se propuso comprender cómo los potenciadores, fragmentos de ADN que activan y desactivan genes, controlan la actividad génica a medida que las células madre sanguíneas se especializan en distintos tipos celulares. Mediante un enfoque de biología sintética, se diseñaron más de 64.000 potenciadores sintéticos a partir de combinaciones de sitios de unión para 38 factores de transcripción clave, y se pusieron a prueba en una serie de estados de células sanguíneas.

El resultado fue un mapa de alta resolución de cómo estos factores actúan conjuntamente para regular los genes, junto con tres principios fundamentales del funcionamiento de los potenciadores. El trabajo demostró que un mismo factor de transcripción puede actuar como activador o como represor según el contexto celular, su combinación con otros factores y la fuerza con la que se une al ADN; el modelado matemático reveló que una unión más fuerte puede, de forma contraintuitiva, atenuar o incluso invertir la activación génica.

La tesis ofrece un marco predictivo para comprender la regulación génica y para diseñar potenciadores adaptados a estados celulares específicos, con posibles aplicaciones en biología del desarrollo, biotecnología y medicina. Parte de este trabajo se publicó en Cell y se describe con más detalle en nuestra página de noticias.
 

EN CATALÀ

Dos investigadors del CRG reben el Premi Extraordinari de Doctorat de l'Escola de Doctorat de la UPF

Miquel Anglada Girotto i Robert Frömel, que van dur a terme la seva investigació doctoral al Centre de Regulació Genòmica (CRG), figuren entre els deu estudiants de doctorat distingits amb el Premi Extraordinari de Doctorat de l'Escola de Doctorat de la Universitat Pompeu Fabra (UPF).

Aquests premis reconeixen les millors tesis defensades al programa de doctorat en Biomedicina de la UPF, gestionat pel departament MELIS. Durant el curs acadèmic 2024-2025 es van defensar 106 tesis en el marc del programa. Els tribunals corresponents en van proposar 41 per competir pels premis, de les quals deu van ser seleccionades pel comitè del Premi Extraordinari. Dues de les deu provenen d'investigacions realitzades al CRG.

Anglada Girotto va completar la seva tesi, "Charting the alternative splicing vulnerabilities of cancer", sota la direcció de Luis Serrano i la codirecció de Samuel Miravet-Verde i Sarah Alexandra DiBartolo.

El treball analitza com l'splicing alternatiu, el procés pel qual un mateix gen pot donar lloc a múltiples variants proteiques, contribueix al càncer, i desenvolupa eines computacionals per identificar els canvis d'splicing amb més probabilitat d'impulsar el desenvolupament tumoral.

A partir de conjunts de dades de càncer a gran escala, la tesi va identificar dos programes de factors d'splicing comuns a diferents tipus de càncer, vinculats a característiques distintives de la malaltia, i va mostrar com les interaccions entre factors d'splicing afavoreixen la producció d'isoformes proteiques que promouen el càncer.

Així mateix, va introduir un marc estadístic per identificar exons potencialment conductors del càncer, que va fer sortir a la llum centenars de gens relacionats amb la malaltia i esdeveniments d'splicing rellevants des del punt de vista terapèutic que les anàlisis basades en mutacions solen passar per alt. En conjunt, els resultats aporten una nova perspectiva sobre el paper de l'splicing en el càncer i un conjunt d'eines per descobrir possibles vulnerabilitats terapèutiques. Part d'aquest treball es va publicar a Nature Communications i es descriu amb més detall a la nostra pàgina de notícies.

Frömel va completar la seva tesi, "Decoding the regulatory grammar of hematopoiesis using synthetic enhancers", sota la direcció de Lars Velten.

La investigació es va proposar comprendre com els potenciadors, fragments d'ADN que activen i desactiven gens, controlen l'activitat gènica a mesura que les cèl·lules mare sanguínies s'especialitzen en diferents tipus cel·lulars. Mitjançant un enfocament de biologia sintètica, es van dissenyar més de 64.000 potenciadors sintètics a partir de combinacions de llocs d'unió per a 38 factors de transcripció clau, i es van posar a prova en una sèrie d'estats de cèl·lules sanguínies.

El resultat va ser un mapa d'alta resolució sobre com aquests factors actuen conjuntament per regular els gens, juntament amb tres principis fonamentals del funcionament dels potenciadors. El treball va demostrar que un mateix factor de transcripció pot actuar com a activador o com a repressor segons el context cel·lular, la seva combinació amb altres factors i la força amb què s'uneix a l'ADN; el modelatge matemàtic va revelar que una unió més forta pot, de manera contrària a la intuïció, atenuar o fins i tot invertir l'activació gènica.

La tesi ofereix un marc predictiu per comprendre la regulació gènica i per dissenyar potenciadors adaptats a estats cel·lulars específics, amb possibles aplicacions en biologia del desenvolupament, biotecnologia i medicina. Part d'aquest treball es va publicar a Cell i es descriu amb més detall a la nostra pàgina de notícies.