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What we learned from repurposing the CRG for mass COVID testing

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03
Dec
Thu, 03/12/2020 - 12:13

What we learned from repurposing the CRG for mass COVID testing

Volunteers from both nodes who participated in Programa Orfeu

Collage of CRG, CNAG-CRG and other research centres who participated in Programa Orfeu

EN CASTELLANO/EN CATALÀ

The Programa Orfeu, which launched earlier this year to carry out mass testing for COVID-19 during Catalonia’s first wave of the pandemic, was an unprecedented collaboration between the research, healthcare and governmental systems. 

The project brought together some of the major research institutes across Catalonia. There were two main sample-processing nodes with close to 200 volunteers collectively – one at the Barcelona Biomedical Research Park (PRBB) orchestrated by the Center for Genomic Regulation (CRG) and the other at Barcelona Science Park (PCB), jointly coordinated by IRB Barcelona, IBEC and the CNAG-CRG.  

In a new publication published in F1000Research, fifty volunteers based at the PRBB node, exclusively composed of researchers and administrative staff at the Centre for Genomic Regulation (CRG) and the Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), describe the key challenges and lessons learned from taking part in the initiative.  

For Rito Ghose, a PhD student who volunteered for Orfeu, the initiative was an opportunity to fight complacency and give back to society. “In this article we share our personal motivations in the hope that we may inspire other researchers like us, to join the global testing initiative,” he says. “Every little contribution counts, especially if we can help other research institutes who may have to set diagnostic protocols such as this one in the future.” 

The publication covers a wide range of challenges from a variety of perspectives, ranging from how to develop an online informatics platform from the ground up to identifying the optimal combination of reagents to ensure test reliability. 

Despite having the resources and technical expertise, the volunteers describe the sheer scale of the challenge of converting a research centre into a mass testing service.  

For Romina Garrido, who works in administrative secretariat for the CRG, the initiative was led to a friendly, collaborative and positive atmosphere for all. “It was rewarding to see how volunteers were always ready to put on hold their preferences and personal life, to help with whatever task they were assigned and just happy for being part of something helpful,” she says. “For many of them, especially between scientists and administrators, it was the first time they meet each other!” 

Sergi Beltran, Head of the Bioinformatics Unit of the CNAG-CRG, led the team that developed the data management and PCR validation system for both nodes. “It was a challenging project because it involved many stakeholders and we had to build a system very quickly at the same time as the specifications were defined. However, it was very rewarding for everyone involved because we immediately saw the impact and the value of what we had created.”

As well as carrying out their normal day to day activities, volunteers put in an extra 4-5 hours every day to manage Orfeu. The logistical chain could throw up all sorts of technical hurdles that required improvisation and problem solving, such as boosting a robot’s ability to process from 96 samples to 484 every 90 minutes. 

With the aim of performing 170,000 PCR tests, the ORFEU project was created by the Government of Catalonia through two of its ministries – the Enterprise and Knowledge Department and the Department of Health.  

For more views, you can find out more in this article from the Government of Catalonia’s research bulletin news team (in Catalan). 

EN CASTELLANO

Voluntarios del Programa Orfeu de detección masiva de COVID-19 reflexionan sobre su experiencia 

El Programa Orfeu, que se lanzó en abril de este año para realizar pruebas masivas de COVID-19 durante la primera ola de la pandemia en Catalunya, fue una colaboración inédita entre los sistemas de investigación, la sanidad y la administración pública. 

El programa impulsó la colaboración de algunos de los principales institutos de investigación de Cataluya. Unas 200 personas voluntarias participaron en los dos nodos principales para procesar las muestras. El primero, en el Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB), fue liderado por el Centro de Regulación Genómica (CRG) y, el otro, en el Parque Científico de Barcelona (PCB), fue coordinado conjuntamente por el IRB Barcelona, IBEC y CNAG-CRG. 

En un nuevo artículo publicado en F1000Research, cincuenta personas voluntarias del nodo PRBB, compuesto exclusivamente por personal investigador y personal administrativo del Centro de Regulación Genómica (CRG) y el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG), reflexionan sobre los retos y la experiencia de participar en la iniciativa. 

Para Rito Ghose, un estudiante de doctorado que se ofreció como voluntario para Orfeu, la iniciativa fue una oportunidad para luchar contra la autocomplacencia y aportar su granito de arena a la sociedad. “En este artículo compartimos nuestras motivaciones personales con la esperanza de poder inspirar a personal investigador como nosotros para unirse a la iniciativa global de detección”, dice. "Cada pequeña contribución cuenta, especialmente si podemos ayudar a otros institutos de investigación que quizás deban establecer protocolos de diagnóstico como este en el futuro". 

La publicación cubre muchos retos diferentes vistos desde perspectivas diversas, incluyendo la necesidad de desarrollar una plataforma informática desde cero y cómo conseguir la combinación óptima de reactivos para garantizar la fiabilidad de los test. 

A pesar de tener los recursos y la experiencia técnica, las personas voluntarias describen la magnitud del desafío de convertir un centro de investigación en un servicio de detección masiva. 

Para Romina Garrido, parte de la secretaría administrativa del CRG, la iniciativa creó un ambiente amigable, colaborativo y positivo para el personal. “Me gustó ver cómo las personas voluntarias siempre estaban listas para dejar sus preferencias y vida personal a un lado para ayudar con cualquier tarea que se les asignara y que fueran simplemente felices de ser parte de algo útil,” afirma. "Muchas de las personas voluntarias, parte del personal científico y administrativo, se conocieron gracias a esta iniciativa.” 

Sergi Beltran, Jefe de la Unidad de Bioinformática del CNAG-CRG, lideró el equipo que desarrolló el sistema de gestión de datos y validación de PCR para ambos nodos. “Fue un proyecto desafiante porque involucró a muchas actores y tuvimos que construir un sistema muy rápidamente al mismo tiempo que se definían las especificaciones. Sin embargo, fue muy gratificante para todos y todas porque inmediatamente vimos el impacto y el valor de lo que habíamos creado."

Además de llevar a cabo sus actividades diarias normales, las personas voluntarias dedicaron entre 4 y 5 horas extras cada día para colaborar en Orfeu. La cadena logística podía presentar todo tipo de obstáculos técnicos que requirieron improvisación y resolución de problemas, como incrementar la capacidad de procesamiento de un robot de 96 muestras a 484 cada 90 minutos. 

Con el objetivo de realizar 170.000 pruebas PCR, el programa Orfeu fue creado por la Generalitat de Catalunya a través de dos de sus departamentos, el de Empresa y Conocimiento y el de Salud. 

Para más información, pueden leer también este artículo en RECERCAT, el boletín de la investigación en Catalunya, publicado por la Secretaría de Universidades e Investigación, del Departamento de Empresa y Conocimiento de la Generalitat de Catalunya (en catalán). 

EN CATALÀ

Voluntaris del Programa Orfeu de detecció massiva de COVID-19 reflexionen sobre la seva experiència 

El Programa Orfeu, que es llançà l’abril d’aquest any per a realitzar proves massives de COVID-19 durant la primera onada de la pandèmia a Catalunya, fou una col·laboració inèdita entre els sistemes de recerca, la sanitat i l’administració pública. 

El programa impulsà la col·laboració d’alguns dels principals instituts de recerca de Catalunya. Unes 200 persones voluntàries participaren en els dos nodes principals per processar mostres. El primer, al Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB), fou liderat pel Centre de Regulació Genòmica (CRG) i, l’altre, al Parc Científic de Barcelona (PCB), fou coordinat conjuntament per l’IRB Barcelona, I’IBEC i el CNAG-CRG. 

En un nou article publicat a F1000Research, cinquanta persones voluntàries del node PRBB, compost exclusivament per personal investigador i personal administratiu del Centre de Regulació Genòmica (CRG) i el Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG), reflexionen sobre els reptes i l’experiència de participar en la iniciativa. 

Per a Rito Ghose, un estudiant de doctorat que s’oferí com a voluntari per a Orfeu, la iniciativa fou una oportunitat per lluitar contra l’autocomplaença i aportar el seu granet de sorra a la societat. “En aquest article compartim les nostres motivacions personals amb l’esperança de poder inspirar a personal investigador com nosaltres per unir-se a la iniciativa global de detecció”, diu. “Cada petita contribució compta, especialment si podem ajudar a d’altres instituts de recerca que potser hagin d’establir protocols de diagnòstic com aquest en el futur”. 

La publicació cobreix molts reptes diferents vistos des de perspectives diverses, que inclouen la necessitat de desenvolupar una plataforma informàtica des de zero i com aconseguir la combinació òptima de reactius per a garantir la fiabilitat dels tests. 

Tot i disposar dels recursos i l’experiència tècnica, les persones voluntàries descriuen la magnitud del desafiament de convertir un centre de recerca en un servei de detecció massiva. 

Per a la Romina Garrido, part de la secretaria administrativa del CRG, la iniciativa creà un ambient amigable, positiu i de col·laboració per al personal. “Em va agradar veure com les persones voluntàries sempre estaven disposades per deixar de banda les seves preferències i vida personal per ajudar amb qualsevol tasca que se’ls assignés i que fossin simplement felices de ser part de quelcom útil,” afirma. “Moltes de les persones voluntàries, part del personal científic i administratiu es conegueren arrel d’aquesta iniciativa.” 

Sergi Beltran, cap de la Unitat de Bioinformàtica del CNAG-CRG, va liderar l’equip que va desenvolupar el sistema de gestió de dades i validació de PCR pels dos nodes. “Va ser un repte, ja que el projecte involucrava molts actors diferents i vam haver de construir un sistema molt ràpidament quan encara s’estaven definint les especificacions. Tot i això, va ser molt gratificant per tots i totes perquè immediatament vam veure el valor d’aquest sistema.”

A banda de dur a terme les seves activitats diàries normals, les persones voluntàries dedicaren entre 4 i 5 hores extres cada dia per col·laborar amb Orfeu. La cadena logística podia presentar tot tipus d’obstacles tècnics que requeriren improvisació i resolució de problemes, com ara incrementar la capacitat de processament d’un robot de 96 mostres a 484 cada 90 minuts. 

Amb l’objectiu de realitzar 170.000 proves PCR, el programa Orfeu fou creat per la Generalitat de Catalunya a través de dos dels seus departaments, el d’Empresa i Coneixement i el de Salut. 

Per a més informació, també podeu llegir aquest article a RECERCAT, el butlletí de la recerca a Catalunya, publicat per la Secretaria d’Universitats i Recerca, del Departament d’Empresa i Coneixement de la Generalitat de Catalunya.