You are here

    • You are here:
    • Home > StarLife, new IT structure to boost biomedical research, begins operation

StarLife, new IT structure to boost biomedical research, begins operation

StarLife, new IT structure to boost biomedical research, begins operation

27
Feb
Wed, 27/02/2019 - 16:14

StarLife, new IT structure to boost biomedical research, begins operation

The initiative is coordinated by Barcelona Supercomputing Center, the Centre for Genomic Regulation and IRB Barcelona

EN ESPAÑOL - EN  CATALÀ

  • The initiative is coordinated by Barcelona Supercomputing Center, the Centre for Genomic Regulation and IRB Barcelona
  • Financial support has been provided by the Catalan Government with ERDF funds with the backing of ”la Caixa”
  • It is designed to provide a high-performance service to meet the growing need to handle, analyze and store the vast amounts of data needed for biomedical research and personalized medicine.

Rafael Rodrigo, the president of the Barcelona Supercomputing Center (BSC) consortium and General Secretary of Scientific Policy Coordination at the Ministry of Science, Innovation and Universities; Francesc Posas, director of  the Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona); Luís Serrano, director of the Centre for Genomic Regulation (CRG); Sergi Girona, BSC's operations director; Jaume Giró, general manager of “la Caixa” Banking Foundation; Francesc Xavier Grau, Catalan Government Secretary for Universities and Research, and Mateo Valero, BSC's director, today presented StarLife, new IT infrastructure designed to boost and serve biomedical research of excellence and precision medicine. StarLife is an initiative coordinated by BSC, CRG and IRB Barcelona and has financial support from the Catalan government with ERDF funds and ”la Caixa”.

Key to genomics and personalized medicine

StarLife is computational infrastructure for large-scale biomedical projects that require an architecture designed specifically to handle and make use of vast volumes of biomedical data.

Hospitals and biomedical research centers are generating ever greater amounts of molecular and omic data, medical images, data from medical devices and clinical histories which, in terms of their amount and complexity, are equivalent to those generated in other knowledge areas such as astronomy and meteorology.

Interpreting these data and integrating them in simulation environments is essential in order to progress in developing biomedical research and personalized medicine, including understanding how living organisms work, drug development and disease treatment.

StarLife will make it possible to implement more advanced computation techniques, such as those used to detect new genes related to diseases such as cancer and minority diseases, as well as simulating the behavior of molecules in order to speed up drug discovery.

A step forward resulting from collaboration in ongoing research

StarLife has sprung from the ongoing collaboration between BSC, CRG and IRB. Since 2014, these organizations have shared a Joint Computational Biology Program, i.e. the use of computer tools applied to the field of biology. Their collaboration includes genome analysis and sequencing, biomolecule modelling, evolution studies and the creation of phylogenetic trees, etc.

“The scale and flexibility of the new equipment will make it possible for scientists from the promoting institutions to conduct cutting-edge research”, said Luis Serrano, CRG's director. “In addition to being infrastructure that will provide a service to researchers all around the world through the European Genome-phenome Archive (EGA), https://ega-archive.org/), StarLife is the main global center for storing and distributing genomic and medical data concerning human diseases”, he concluded.

"The StarLife equipment is a turning point in our research and consolidates the centers we have promoted as global leaders in the field of biomedicine," according to Francesc Posas, the director of IRB Barcelona. "At IRB Barcelona we will use it to work on the molecular structure of DNA and cancer genomics with a focus on developing personalized medicine."

A flexible system complementing the MareNostrum supercomputer

StarLife is a computation and storage system with a calculation capacity of 132.8 teraflops (133 trillion operations per second), a storage capacity of 9.5 petabytes (10 million gigabytes) and 9.1 terabytes (9,100 gigabytes) of RAM.

“Its main feature is that it can easily be reconfigured and adapted to the various needs of different biomedicine-related tasks, which include execution in a high-performance computing environment, the cloud and big data analysis”, explained Sergi Girona, BSC's director of Operations, "and when we conduct very specific analyses with a great need for supercomputing, we have the MareNostrum supercomputer.”

Possible thanks to public-private support

StarLife has cost €1.72 million, 43% of which was provided by the Catalan government with ERDF funds, 22% by ”la Caixa” and the remaining 35% is a joint investment by BSC, CRG and IRB Barcelona.

Rafael Rodrigo, the General Secretary of Scientific Policy at the Ministry of Science, Innovation and Universities highlighted “the Spanish government's commitment to science and innovation in general and supercomputing and biomedicine in particular. StarLife is without doubt a project of great interest that will undertake biomedical projects in Catalonia, a leading region in RDI. And it will do so through public authorities, research centers of excellence with a global reputation and an institution that has always been committed to science: “la Caixa” Banking Foundation. This project is a great opportunity that will allow us to keep making progress in the field of health.”

Francesc Xavier Grau, the Catalan Government Secretary for Universities and Research, said: "This infrastructure, which is being set up thanks to the collaboration of key players in our system of knowledge and the Catalan government with European and private funds is a response to a growing need: managing the data generated in biomedical research to bring about an effective impact on the population's health. Catalonia must be prepared, as a leading country in biomedical research, to turn the clinical and healthcare opportunities of personalized medicine into reality. We have the infrastructure. Storing and making proper use of health data is essential."

According to Jaume Giró, general manager of “la Caixa” Banking Foundation: “It is an example of public-private institutional architecture to boost international research of excellence to improve people's health to which we are proud to contribute. Research is one of the priority areas in “la Caixa” Banking Foundation's strategic plan, in which we have invested €90 million.”

StarLife is physically located in Barcelona Supercomputing Center's facilities and, with complementary functions, it is incorporated in the integrated computational ecosystem that the MareNostrum 4 supercomputer is also part of.

Further information:
BSC: Gemma Ribas. Tel 34 675 78 59 75 / communication@bsc.es
CRG: Glòria Lligadas. Tel. 34 93 316 01 53 / 608 550 788 / gloria.lligadas@crg.eu 
IRB Barcelona: Nahia Barberia. Tel 93 403 45 69/ 652769748/ communications@irbbarcelona.org
”la Caixa”: Irene Roch. Tel. 93404 60 27/669 45 70 94/ iroch@fundaciolacaixa.org


EN ESPAÑOL

Entra en funcionamiento StarLife, una nueva infraestructura informática para dar impulso a la investigación biomédica

  • Es una iniciativa coordinada del Barcelona Supercomputing Center, el Centre de Regulació Genòmica y el IRB Barcelona
  • Cuenta con el apoyo financiero de la Generalitat de Catalunya, que aporta fondos FEDER, y el impulso de ”la Caixa”
  • Está pensada para dar servicio de alto rendimiento a la creciente necesidad de manipular, analizar y almacenar las grandes cantidades de datos necesarias para la investigación biomédica y la medicina personalizada

Rafael Rodrigo, presidente del consorcio Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de Supercomputación (BSC) y secretario general de Coordinación de Política Científica del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades; Francesc Posas, director del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona); Luís Serrano, director del Centro de Regulación Genómica (CRG); Sergi Girona, director de operaciones del BSC; Jaume Giró, director general de la Fundación Bancaria “la Caixa”; Francesc Xavier Grau, Secretario de Universidades e Investigación de la Generalitat de Catalunya, y Mateo Valero, director del BSC, han presentado hoy la nueva infraestructura informática, StarLife, pensada para dar impulso y servicio a la investigación biomédica de excelencia y la medicina de precisión. StarLife es una iniciativa coordinada del BSC, el CRG y el IRB Barcelona y cuenta con el apoyo financiero de la Generalitat de Catalunya, que aporta fondos FEDER, y ”la Caixa”.

Clave para la genómica y la medicina personalizada

StarLife es una infraestructura computacional destinada a grandes proyectos biomédicos que requieren una arquitectura diseñada específicamente para la manipulación y aprovechamiento de grandes volúmenes de datos biomédicos.

Los hospitales y los centros de investigación en biomedicina generan cada vez cantidades más grandes de datos moleculares, ómicos, imágenes médicas, datos de dispositivos médicos e historias clínicas que, en cantidad y complejidad, son equivalentes a las que generan otras áreas del conocimiento como la astronomía y la meteorología.

La interpretación de estos datos y su integración en entornos de simulación son imprescindibles para progresar en el desarrollo de la investigación biomédica y la medicina personalizada, incluyendo la comprensión del funcionamiento de los organismos vivos, el desarrollo de fármaco y el tratamiento de enfermedades.

StarLife permitirá la implementación de las técnicas de computación más avanzadas, que son las que se utilizan, por ejemplo, para detectar nuevos genes relacionados con enfermedades como el cáncer o las enfermedades minoritarias o simular el comportamiento de moléculas para agilizar el descubrimiento de fármacos.

Un salto adelante, fruto de una colaboración en investigación continuada

StarLife surge de la continuada voluntad de colaboración entre el BSC, el CRG y el IRB Barcelona, que comparten desde 2014 un Programa Conjunto de Biología Computacional, es decir, el uso de herramientas informáticas aplicadas al campo de la biología. En esta colaboración se engloba el análisis y secuenciación del genoma, la modelización de biomoléculas, los estudios de evolución y creación de árboles filogenéticos, etc.

“La escala y flexibilidad del nuevo equipamiento permitirá realizar investigación de frontera a los científicos de las instituciones que lo promueven”, indica Luis Serrano, director del CRG. “StarLife, además, es una infraestructura que prestará servicio a investigadores de todo el mundo a través del Archivo Europeo de Genomas y Fenomas EGA, https://ega-archive.org/), el principal centro mundial de custodia y distribución de datos genómicos y médicos sobre enfermedades humanas”, concluye.

"El equipamiento StarLife marca un antes y un después en nuestra investigación y consolida a los centros que lo hemos impulsado como referentes mundiales en el campo de la biomedicina" afirma Francesc Posas, director del IRB Barcelona. "Desde el IRB Barcelona lo utilizaremos para trabajar en la estructura molecular del ADN y en la genómica del cáncer, con un enfoque hacia la medicina personalizada".

Un sistema flexible y complementario al superordenador MareNostrum

StarLife es un sistema de computación y almacenaje que tiene una capacidad de cálculo de 132,8 Teraflops (133 billones de operaciones por segundo), una capacidad de almacenaje de 9,5 Petabytes (10 millones de Gigabytes) y una memoria central (RAM) de 9,1 Terabytes (9.100 Gigabytes).

“Su principal característica es que es fácilmente reconfigurable y adaptable a las diversas necesidades de las diferentes tareas relacionadas con la biomedicina, que incluyen ejecuciones en entorno de computación de altas prestaciones, cloud y análisis big data”, explica Sergi Girona, director de Operaciones del BSC, "y cuando se trata de hacer análisis muy específicos con mucha necesidad de supercomputación disponemos del superordenador MareNostrum”.

Posible gracias al impulso público-privado

StarLife ha tenido un coste de 1,72 millones de euros, un 43% de los cuales los ha aportado la Generalitat de Catalunya a través de fondos FEDER, un 22%, ”la Caixa” y el 35% restante es una inversión conjunta del BSC, el CRG y el IRB Barcelona.

El secretario general de Política Científica del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, Rafael Rodrigo, ha destacado “el compromiso del Gobierno de España con la ciencia y la innovación en general y con la supercomputación y la biomedicina en particular. StarLife es sin duda un proyecto de gran interés que abordará proyectos biomédicos en Cataluña, una comunidad autónoma líder en I+D+I. Y lo hará de la mano de las administraciones, de centros de excelencia investigadora reconocidos a nivel mundial y de una entidad siempre comprometida con la ciencia, como es la Fundación Bancaria “la Caixa”. Este proyecto es una gran oportunidad que nos permitirá seguir avanzando en el área de la salud”. (provisional)

Francesc Xavier Grau, Secretario de Universidades e Investigación de la Generalitat de Catalunya, afirma que "esta infraestructura que se pone en marcha gracias a la colaboración de agentes clave de nuestro sistema de conocimiento y de la Generalitat de Catalunya, con fondos europeos y privados, es una respuesta a una necesidad creciente: gestionar los datos que se generan en la investigación biomédica para conseguir un impacto efectivo en la salud de la población. Catalunya tiene que estar preparada, como país líder en investigación biomédica, para hacer realidad las oportunidades clínicas y asistenciales de la medicina personalizada. Tenemos las infraestructuras. El almacenamiento y el correcto aprovechamiento de los datos de salud son ineludibles".

Según Jaume Giró, director general de la Fundación Bancaria “la Caixa”, “es un ejemplo de arquitectura institucional público-privada para potenciar la investigación de excelencia internacional para la mejora de la salud de las personas a la cual estamos orgullosos de contribuir. La investigación es una de las líneas prioritarias que contempla el plan estratégico de la Fundación Bancaria “la Caixa”, al que destinamos 90 millones de euros”

StarLife está ubicado físicamente en las instalaciones del Barcelona Supercomputing Center y se incorpora, con funciones complementarias, al ecosistema computacional integrado del que forma parte también el superordenador MareNostrum 4.

Más información:
BSC: Gemma Ribas. Tel 34 675 78 59 75 / communication@bsc.es
CRG: Glòria Lligadas. Tel. 34 93 316 01 53 / 608 550 788 / gloria.lligadas@crg.eu 
IRB Barcelona: Nahia Barberia. Tel 93 403 45 69/ 652769748 / communications@irbbarcelona.org
”la Caixa”: Irene Roch. Tel. 93404 60 27/669 45 70 94/ iroch@fundaciolacaixa.org


EN CATALÀ

Es posa en marxa StarLife, una nova infraestructura informàtica per donar impuls a la recerca biomèdica

  • És una iniciativa coordinada del Barcelona Supercomputing Center, el Centre de Regulació Genòmica i l’IRB Barcelona
  • Compta amb el suport financer de la Generalitat de Catalunya, que hi ha aportat fons FEDER, i l’impuls de ”la Caixa”
  • Està pensada per donar servei d’alt rendiment a la creixent necessitat de manipular, analitzar i emmagatzemar les grans quantitats de dades necessàries per la recerca biomèdica i la medicina personalitzada

Rafael Rodrigo, president del consorci Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de Supercomputación (BSC) i secretari general de Coordinació de Política Científica del Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats; Francesc Posas, director de l’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona); Luís Serrano, director del Centre de Regulació Genòmica (CRG); Sergi Girona, director d’operacions del BSC; Jaume Giró, director general de la Fundació Bancària “la Caixa”; Francesc Xavier Grau, Secretari d’Universitats i Recerca de la Generalitat de Catalunya, i Mateo Valero, director del BSC, han presentat avui la nova infraestructura informàtica, StarLife, pensada per donar impuls i servei a la recerca biomèdica d’excel·lència i la medicina de precisió. StarLife és una iniciativa coordinada del BSC, el CRG i l’IRB Barcelona i compta amb el suport financer de la Generalitat de Catalunya, qui hi ha aportat fons FEDER, i ”la Caixa”.

Clau per a la genòmica i la medicina personalitzada

StarLife és una infraestructura computacional destinada a grans projectes biomèdics que requereixen una arquitectura dissenyada específicament per a la manipulació i aprofitament de grans volums de dades biomèdiques.

Els hospitals i els centres de recerca en biomedicina generen cada vegada quantitats més grans de dades moleculars, òmiques, imatges mèdiques, dades de dispositius mèdics i històries clíniques que, en quantitat i complexitat, són equivalents a les que generen altres àrees de coneixement, com l’astronomia i la meteorologia.

La interpretació d’aquestes dades i la seva integració en entorns de simulació són imprescindibles per progressar en el desenvolupament de la recerca biomèdica i la medicina personalitzada, incloent  la comprensió del funcionament dels organismes vius, el desenvolupament de fàrmacs i el tractament de malalties.

StarLife permetrà la implementació de les tècniques de computació més avançades, que són les que s’utilitzen, per exemple, per detectar nous gens relacionats amb malalties com el càncer o les  malalties minoritàries o simular el comportament de molècules per agilitzar el descobriment de fàrmacs.

Un salt endavant, fruit d’una continuada col·laboració en la recerca

StarLife sorgeix de la continuada voluntat de col·laboració entre el BSC, el CRG i l’IRB Barcelona, que comparteixen des de 2014 un Programa Conjunt de Biologia Computacional, és a dir, l'ús d'eines informàtiques aplicades al camp de la biologia. En aquesta col·laboració s'hi engloba l'anàlisi i seqüenciació del genoma, la modelització de biomolècules, els estudis d'evolució i creació d'arbres filogenètics, etc.

“L’escala i flexibilitat del nou equipament permetrà dur a terme recerca de frontera als científics de les institucions que el promouen”, indica Luis Serrano, director del CRG. “StarLife, a més, és una infraestructura que prestarà servei a investigadors d’arreu del món a través de l’Arxiu Europeu de Genomes i Fenomes EGA, https://ega-archive.org/), el principal centre mundial de custòdia i distribució de dades genòmiques i mèdiques sobre malalties humanes”, conclou.

"L'equipament StarLife marca un abans i un després en la nostra recerca i ens consolida, als centres que l'hem impulsat, com a referents mundials en el camp de la biomedicina" afirma Francesc Posas, director de l'IRB Barcelona. "Des de l'IRB Barcelona el farem servir per treballar en l'estructura molecular de l'ADN i en la genòmica del càncer, amb un enfocament cap a la medicina personalitzada".

Un sistema flexible i complementari al superordinador MareNostrum

StarLife és un sistema de computació i emmagatzematge que té una capacitat de càlcul de 132,8 Teraflops (133 bilions d’operacions per segon), una capacitat d’emmagatzematge de 9,5 Petabytes (10 milions de Gigabytes) i una memòria central (RAM) de 9,1 Terabytes (9.100 Gigabytes).

“La seva principal característica és que és fàcilment reconfigurable i adaptable a les diverses necessitats de les diferents tasques relacionades amb la biomedicina, que inclouen execucions en entorn de computació d’altes prestacions, cloud i anàlisi big data”, explica Sergi Girona, director d'Operacions del BSC, "i quan es tracta de fer anàlisis molt específiques amb molta necessitat de supercomputació disposem del superordinador MareNostrum”.

Possible gràcies a l’impuls publicoprivat

StarLife ha tingut un cost d’1,72 milions d’euros, un 43% dels quals els ha aportat la Generalitat de Catalunya a través de fons FEDER, un 22%, ”la Caixa” i el 35% restant és una inversió conjunta del BSC, el CRG i l’IRB Barcelona.

El secretari general de Política Científica del Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats, Rafael Rodrigo, ha destacat “el compromís del Govern d’Espanya amb la ciència i la innovació en general i amb la supercomputació i la biomedicina en particular. StarLife és, sens dubte, un projecte de gran interès, que abordarà projectes biomèdics a Catalunya, una comunitat autònoma líder en R+D+I. I ho farà de la mà de les administracions, de centres d’excel·lència investigadora reconeguts a nivell mundial i d’una entitat sempre compromesa amb la ciència, com és la Fundació Bancària “la Caixa”. Aquest projecte és una gran oportunitat que ens permetrà seguir avançant en l’àrea de la salut”. (provisional)

Francesc Xavier Grau, Secretari d’Universitats i Recerca, afirma que "aquesta infraestructura que es posa en marxa gràcies a la col·laboració d'agents clau del nostre sistema de coneixement i de la Generalitat de Catalunya, amb fons europeus i privats, és una resposta a una necessitat creixent: gestionar les dades que es generen en recerca biomèdica per aconseguir un impacte efectiu en la salut de la població. Catalunya ha d'estar preparada, com a país líder que és en recerca biomèdica, per fer realitat les oportunitats clíniques i assistencials de la medicina personalitzada. Tenim les infraestructures. L'emmagatzematge i aprofitament correcte de dades de salut són ineludibles".

Segons Jaume Giró, director general de la Fundació Bancària “la Caixa”, “és un exemple d’arquitectura institucional publicoprivada per potenciar la recerca d’excel·lència internacional per a la millora de la salut de les persones a la qual estem orgullosos de poder contribuir. La recerca és una de les línies prioritàries que contempla el pla estratègic de la Fundació Bancària “la Caixa”, al qual enguany destinem 90 milions d’euros”

L’equipament està ubicat físicament a les instal·lacions del Barcelona Supercomputing Center i s’incorpora, amb funcions complementàries, a l’ecosistema computacional integrat del que forma part també el superordinador MareNostrum 4.

Més informació:
BSC: Gemma Ribas. Tel 34 675 78 59 75 / communication@bsc.es
CRG: Glòria Lligadas. Tel. 34 93 316 01 53 / 608 550 788 / gloria.lligadas@crg.eu 
IRB Barcelona: Nahia Barberia. Tel 93 403 45 69/ 652 769 748 / communications@irbbarcelona.org
”la Caixa”: Irene Roch. Tel. 93404 60 27/669 45 70 94/ iroch@fundaciolacaixa.org