You are here

    • You are here:
    • Home > Institutional > Q&A with Bernardo Rodriguez, Computational Biologist at the CRG

Q&A with Bernardo Rodriguez, Computational Biologist at the CRG


Wed, 22/05/2024 - 09:37

Q&A with Bernardo Rodriguez, Computational Biologist at the CRG

Dr. Bernardo Rodriguez is an Independent Fellow at the CRG, a new type of position for early-career researchers who have completed their postdoctoral training and are looking to establish themselves as independent researchers. He will set the scientific direction for his own group within the Computational Biology and Health Genomics Programme.

Born in Villaviciosa, a town in Asturias, Bernardo studied biology at the Universidad de Oviedo before pursuing a Master’s degree thesis in Roderic Guigó`s group at the UPF and CRG in Barcelona. After a PhD in Galicia and a postdoctoral research position at EMBL – Stanford Medical School, his academic journey has brought him back to the CRG in Barcelona.

Dr. Bernardo Rodriguez specialises in the study of repetitive DNA elements, which constitute approximately half of the human genome. These play vital roles in maintaining genomic function and integrity, and are a vital source for evolutionary innovation as they can evolve into new regulatory sequences, or in the context of healthcare, where repeat-mediated genetic variation can lead to disease.

Despite their importance, repetitive elements in the genome have remained largely unexplored due to technological limitations. Dr. Rodriguez's research is at the forefront of overcoming these obstacles by leveraging new sequencing technologies, such as long-read sequencing. He will dedicate his time at the CRG to develop new computational strategies to annotate and characterise repetitive DNA elements in detail, and demystify this uncharted territory of the human genome.

Q: What inspired you to embark on a career in computational biology?
A: My fascination with the genome sequence is what initially drew me to studying bioinformatics in Barcelona, even though I didn’t know much about programming by then. It was during my time at CRG as a master’s student when I witnessed the immense possibilities of working on international projects, since Roderic Guigò’s group was participating in consortiums such as ENCODE or GTEx. At that time, the scientific community launched the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, a large-scale initiative to crack the cancer genome. Given my long-standing interest in biomedical applications of genome research, embarking on such endeavour felt like a natural next step to me, so I decided to pursue a PhD in cancer genomics.

Q: What are some of the scientific highlights you’ve made in your career so far? 
A:  I’ve worked on understanding how certain repeated parts of our DNA can cause big changes in our genetic code, which can affect our health. For example, I was part of a big project called PCAWG where we discovered a new way that chromosomes can be rearranged, which was previously unknown and can lead to cancer. We also found specific DNA elements that increase mutations in some cancers. We developed new computer methods to study these DNA repeats because traditional methods often ignore them. This research was published along with 21 other papers by scientists in the PCAWG Consortium. Additionally, with the Human Genome Structural Variation Consortium (HGSVC), we used new "long-read" DNA sequencing techniques to study the genome. This method is much better at detecting large genetic changes than older "short-read" techniques. In another study, we examined the DNA of a thousand people from 26 different populations using these long-read techniques. We found that about half of the large genetic changes in each person’s DNA are due to repetitive DNA sequences.

Q: Can you tell us about the current projects you will pursue? 
A: My research group focuses on developing computer methods to study repeated DNA sequences and the big genetic changes they can cause. By using the latest DNA sequencing technologies, especially long-read sequencing, we aim to better understand these repetitive DNA regions. One of our main interests is studying LINE-1 elements, a type of DNA that can cause mutations in human and cancer genomes. We have found a few very active LINE-1 sequences that can cause significant genetic changes and may increase cancer risk. Using the growing number of human genome sequences and data from large biobanks, we plan to investigate how these LINE-1 elements contribute to cancer risk and their role in human evolution. 

Q: What made you want to come back to the CRG? 
A: Several reasons brought me back to the CRG. First, my time there as a trainee was my first experience doing research in a diverse, international, and collaborative environment. I learned a lot, made friends from different cultures, and it greatly influenced my personal and scientific growth. Second, the CRG offers excellent support for starting my own research group as a new principal investigator. This includes having top scientists in various biological fields, the freedom to pursue my own ideas, substantial funding, international recruitment programs, and great research facilities and staff. Lastly, the CRG is known for its commitment to scientific excellence and providing a balanced work-life environment, which I value highly. 
Q: How have you found setting up your lab? 
A: It’s an exciting moment in my career and a dream come true, so embracing it with great enthusiasm. Undoubtedly, it represents a challenge, as assuming the role of a principal investigator demands a distinct skill set from those honed during my PhD and postdoctoral training. It also entails significant responsibility, as my decisions have an impact within team members. Nevertheless, it's rewarding to embark on the task of fostering a laboratory culture and refreshing to work alongside and mentor young scientists, feeling their passion and eagerness to learn. Also, I am enjoying the process of crafting new research projects, building synergies within the team and writing grant proposals.  
Q: What do you do to get away from science? 
A: Meeting with friends over drinks or dinner is always welcome.  I also love sports, particularly basketball, kayaking, and mountain biking. For a relaxed day, I also enjoy watching movies and playing board games. Finally, I like travelling and exploring, particularly when it's paired with a sports activity. 
Q: Are you enjoying being back in Barcelona? 
A: Certainly. I find Barcelona special for multiple reasons. It has a rich historical background, beautiful neighbourhoods with diverse architecture, a wide variety of restaurants, cafés and a vibrant nightlife scene. The presence of the seaside and the proximity of Collserola and other mountain areas offer the chance to escape the buzz of city life, even during weekdays. Returning to Barcelona also presents a wonderful opportunity to reconnect with good friends who reside in the city or nearby areas. 


Entrevista con Bernardo Rodríguez, Biólogo Computacional del CRG

El Dr. Bernardo Rodríguez es Independent Fellow en el CRG, un nuevo tipo de posición para investigadores e investigadoras que han completado su formación postdoctoral y buscan establecer un grupo independiente en las primeras etapas de su carrera. Establecerá la dirección científica de su propio grupo dentro del Programa de Biología Computacional y Genómica de la Salud.

Nacido en el pueblo asturiano de Villaviciosa, Bernardo estudió biología en la Universidad de Oviedo antes de realizar un trabajo de fin de máster en el grupo de Roderic Guigó en la UPF y el CRG, en Barcelona. Tras un doctorado en Galicia y una posición como investigador postdoctoral en el EMBL – Stanford Medical School, su trayectoria académica le ha traído de vuelta al CRG y a Barcelona.

El Dr. Rodríguez está especializado en el estudio de elementos repetitivos del ADN, que constituyen aproximadamente la mitad del genoma humano. Estos son vitales para mantener la función y la integridad genómica, y son una fuente vital para la innovación evolutiva, ya que pueden evolucionar hacia nuevas secuencias reguladoras, o para la clínica, donde la variación genética mediada por repetición puede conducir a enfermedades.

Pese a su importancia, los elementos repetitivos del genoma han permanecido inexplorados por limitaciones tecnológicas. La investigación del Dr. Rodríguez está a la vanguardia de la superación de estos obstáculos, valiéndose de las nuevas tecnologías de secuenciación, como la secuenciación de lectura larga. Dedicará su tiempo en el CRG a desarrollar nuevas estrategias computacionales para anotar y caracterizar en detalle los elementos repetitivos del ADN, y desmitificar este territorio inexplorado del genoma humano.

P: ¿Qué te inspiró a embarcarte en una carrera en biología computacional?
R: Mi fascinación por la secuencia del genoma es lo que me atrajo inicialmente a estudiar bioinformática en Barcelona, aunque por entonces no sabía mucho de programación. Fue durante mi etapa en el CRG como estudiante de máster cuando fui testigo de las inmensas posibilidades de trabajar en proyectos internacionales, ya que el grupo de Roderic Guigó participaba en consorcios como ENCODE o GTEx. En ese momento, la comunidad científica lanzó el Consorcio de Análisis Pancancerígeno de Genomas Completos (PCAWG, por sus siglas en inglés), una iniciativa a gran escala para descifrar el genoma del cáncer. Dado mi interés en las aplicaciones biomédicas de la investigación del genoma, participar en proyectos como este me pareció el siguiente paso natural, por lo que decidí realizar un doctorado en genómica del cáncer.  

P: ¿Cuáles son los hitos científicos destacados en tu carrera hasta ahora? 
R: He trabajado para comprender cómo ciertas partes repetidas de nuestro ADN pueden causar grandes cambios en nuestro código genético, lo que puede afectar a nuestra salud. Por ejemplo, formé parte de un gran proyecto del PCAWG en el que descubrimos una nueva forma de reorganizar los cromosomas, que antes era desconocida y que puede provocar cáncer. También encontramos elementos específicos del ADN que aumentan las mutaciones en algunos tipos de cáncer. 
Desarrollamos nuevos métodos informáticos para estudiar estas repeticiones de ADN porque los métodos tradicionales a menudo las ignoran. Esta investigación fue publicada junto con otros 21 artículos por científicos del Consorcio PCAWG. 
Además, con el Consorcio de Variación Estructural del Genoma Humano (HGSVC, por sus siglas en inglés), utilizamos nuevas técnicas de secuenciación de ADN de "lectura larga" para estudiar el genoma. Este método es mucho mejor para detectar grandes cambios genéticos que las técnicas más antiguas de "lectura corta". En otro estudio, examinamos el ADN de mil personas de 26 poblaciones diferentes utilizando estas técnicas de lectura larga. Descubrimos que aproximadamente la mitad de los grandes cambios genéticos en el ADN de cada persona se deben a secuencias repetitivas de ADN.

P: ¿Qué proyectos actuales llevará a cabo en el CRG? 
R: Mi grupo de investigación se centra en el desarrollo de métodos informáticos para estudiar secuencias repetidas de ADN y los grandes cambios genéticos que pueden causar. Mediante el uso de las últimas tecnologías de secuenciación de ADN, especialmente la secuenciación de lectura larga, nuestro objetivo es comprender mejor estas regiones repetitivas del ADN. Uno de nuestros principales intereses es el estudio de los elementos LINE-1, un tipo de ADN que puede causar mutaciones en los genomas humanos y cancerosos. Hemos encontrado algunas secuencias muy activas de LINE-1 que pueden causar cambios genéticos significativos y pueden aumentar el riesgo de cáncer. Utilizando el creciente número de secuencias del genoma humano y datos de grandes biobancos, planeamos investigar cómo estos elementos de LINE-1 contribuyen al riesgo de padecer cáncer y su papel en la evolución humana.

P: ¿Qué te hizo querer volver al CRG? 
A: Varias razones me trajeron de vuelta. En primer lugar, el tiempo que pasé aquí como becario fue mi primera experiencia investigando en un entorno diverso, internacional y colaborativo. Aprendí mucho, hice amigos de diferentes culturas y esto fue importante para mi crecimiento personal y científico. En segundo lugar, el CRG ofrece un excelente apoyo para iniciar mi propio grupo de investigación como nuevo investigador principal. Esto incluye contar con los/las mejores científicos/as en varios campos biológicos, la libertad de perseguir mis propias ideas, una financiación sustancial, programas de contratación internacional y excelentes instalaciones y personal de investigación. Por último, el CRG es conocido por su compromiso con la excelencia científica y por proporcionar un entorno equilibrado entre el trabajo y la vida personal, lo que valoro mucho. 

P: ¿Cómo ha sido la configuración de su laboratorio? 
R: Es un momento emocionante en mi carrera y un sueño hecho realidad, así que lo acepto con gran entusiasmo. Sin duda, representa un reto, ya que asumir el papel de investigador principal exige un conjunto de habilidades distintas a las perfeccionadas durante mi doctorado y formación postdoctoral. También implica una gran responsabilidad, ya que mis decisiones tienen un impacto sobre los miembros del equipo. Sin embargo, es gratificante embarcarse en la tarea de fomentar una cultura de laboratorio y refrescante trabajar junto a jóvenes científicos/as y orientarlos/as, sintiendo su pasión y ganas de aprender. Además, estoy disfrutando del proceso de elaboración de nuevos proyectos de investigación, la creación de sinergias dentro del equipo y la redacción de propuestas. 
P: ¿Qué haces para alejarte de la ciencia? 
A: Reunirme con amigos para tomar una copa o cenar. También me encantan los deportes, en particular el baloncesto, el kayak y el ciclismo de montaña. Para un día relajado, también disfruto viendo películas y jugando a juegos de mesa. Por último, me gusta viajar y explorar, sobre todo cuando se combina con una actividad deportiva.

P: ¿Te gusta estar de vuelta en Barcelona? 
A: Claro que sí. Barcelona es especial por múltiples razones. Tiene un rico trasfondo histórico, hermosos barrios con una arquitectura diversa, una amplia variedad de restaurantes, cafés y una vibrante vida nocturna. La presencia de la costa y la proximidad de Collserola y otras zonas de montaña ofrecen la oportunidad de escapar del bullicio de la vida de la ciudad, incluso durante los días laborables. Es también una maravillosa oportunidad para reencontrarme con mis amigos cercanos. 


Entrevista amb Bernardo Rodríguez, Biòleg Computacional del CRG

El Dr. Bernardo Rodríguez és Independent Fellow al CRG, un nou tipus de posició per a investigadors i investigadores que han completat la seva formació postdoctoral i busquen establir un grup independent en les primeres etapes de la seva carrera. Establirà la direcció científica del seu propi grup dins del Programa de Biologia Computacional i Genòmica de la Salut.

Nascut al poble asturià de Villaviciosa, Bernardo va estudiar biologia a la Universitat d'Oviedo abans de realitzar un treball de fi de màster al grup de Roderic Guigó a la UPF i el CRG, a Barcelona. Després d'un doctorat a Galícia i una posició com a investigador postdoctoral a l'EMBL – Stanford Medical School, la seva trajectòria acadèmica l'ha portat de tornada al CRG i a Barcelona.

El Dr. Rodríguez està especialitzat en l'estudi d'elements repetitius de l'ADN, que constitueixen aproximadament la meitat del genoma humà. Aquests són vitals per mantenir la funció i la integritat genòmica, i són una font vital per a la innovació evolutiva, ja que poden evolucionar cap a noves seqüències reguladores, o per a la clínica, on la variació genètica mediada per repetició pot conduir a malalties.

Malgrat la seva importància, els elements repetitius del genoma han romàs inexplorats per limitacions tecnològiques. La investigació del Dr. Rodríguez està a l'avantguarda de la superació d'aquests obstacles, valent-se de les noves tecnologies de seqüenciació, com la seqüenciació de lectura llarga. Dedicarà el seu temps al CRG a desenvolupar noves estratègies computacionals per anotar i caracteritzar en detall els elements repetitius de l'ADN, i desmitificar aquest territori inexplorat del genoma humà.

P: Què et va inspirar a embarcar-te en una carrera en biologia computacional? 
R: La meva fascinació per la seqüència del genoma és el que em va atreure inicialment a estudiar bioinformàtica a Barcelona, tot i que aleshores no sabia gaire de programació. Va ser durant la meva etapa al CRG com a estudiant de màster quan vaig ser testimoni de les immenses possibilitats de treballar en projectes internacionals, ja que el grup de Roderic Guigó participava en consorcis com ENCODE o GTEx. En aquell moment, la comunitat científica va llançar el Consorci d'Anàlisi Pancancerigen de Genomes Complets (PCAWG, per les seves sigles en anglès), una iniciativa a gran escala per desxifrar el genoma del càncer. Donat el meu interès en les aplicacions biomèdiques de la investigació del genoma, participar en projectes com aquest em va semblar el següent pas natural, per la qual cosa vaig decidir realitzar un doctorat en genòmica del càncer.  

P: Quines són les fites científiques destacades en la teva carrera fins ara? 
R: He treballat per comprendre com certes parts repetides del nostre ADN poden causar grans canvis en el nostre codi genètic, cosa que pot afectar la nostra salut. Per exemple, vaig formar part d'un gran projecte del PCAWG en què descobrírem una nova forma de reorganitzar els cromosomes, que abans era desconeguda i que pot provocar càncer. També trobàrem elements específics de l'ADN que augmenten les mutacions en alguns tipus de càncer. Desenvolupàrem nous mètodes informàtics per estudiar aquestes repeticions d'ADN perquè els mètodes tradicionals sovint les ignoren. Aquesta investigació va ser publicada juntament amb uns altres 21 articles per científics del Consorci PCAWG. A més, amb el Consorci de Variació Estructural del Genoma Humà (HGSVC, per les seves sigles en anglès), utilitzàrem noves tècniques de seqüenciació d'ADN de "lectura llarga" per estudiar el genoma. Aquest mètode és molt millor per detectar grans canvis genètics que les tècniques més antigues de "lectura curta".  En un altre estudi, examinàrem l'ADN de mil persones de 26 poblacions diferents utilitzant aquestes tècniques de lectura llarga. Descobrírem que aproximadament la meitat dels grans canvis genètics en l'ADN de cada persona es deuen a seqüències repetitives d'ADN. 

P: Quins projectes actuals durà a terme al CRG? 
R: El meu grup de recerca se centra en el desenvolupament de mètodes informàtics per estudiar seqüències repetides d'ADN i els grans canvis genètics que poden causar. Mitjançant l'ús de les últimes tecnologies de seqüenciació d'ADN, especialment la seqüenciació de lectura llarga, el nostre objectiu és comprendre millor aquestes regions repetitives de l'ADN. Un dels nostres principals interessos és l'estudi dels elements LINE-1, un tipus d'ADN que pot causar mutacions en els genomes humans i cancerosos. Hem trobat algunes seqüències molt actives de LINE-1 que poden causar canvis genètics significatius i poden augmentar el risc de càncer. Utilitzant el creixent nombre de seqüències del genoma humà i dades de grans biobancs, planegem investigar com aquests elements de LINE-1 contribueixen al risc de patir càncer i el seu paper en l'evolució humana. 

P: Què et va fer voler tornar al CRG? 
A: Diverses raons em van portar de tornada. En primer lloc, el temps que vaig passar aquí com a becari va ser la meva primera experiència investigant en un entorn divers, internacional i col·laboratiu. Vaig aprendre molt, vaig fer amics de diferents cultures i això va ser important pel meu creixement personal i científic. En segon lloc, el CRG ofereix un excel·lent suport per iniciar el meu propi grup de recerca com a nou investigador principal. Això inclou comptar amb els/les millors científics/ques en diversos camps biològics, la llibertat de perseguir les meves pròpies idees, un finançament substancial, programes de contractació internacional i excel·lents instal·lacions i personal d'investigació. Finalment, el CRG és conegut pel seu compromís amb l'excel·lència científica i per proporcionar un entorn equilibrat entre el treball i la vida personal, cosa que valoro molt. 

P: Com ha estat la configuració del seu laboratori? 
R: És un moment emocionant en la meva carrera i un somni fet realitat, així que ho accepto amb gran entusiasme. Sens dubte, representa un repte, ja que assumir el paper d'investigador principal exigeix un conjunt d' habilitats diferents a les perfeccionades durant el meu doctorat i formació postdoctoral. També implica una gran responsabilitat, ja que les meves decisions tenen un impacte sobre els membres de l'equip. Tanmateix, és gratificant embarcar-se en la tasca de fomentar una cultura de laboratori i refrescant treballar al costat de joves científics/es i orientar-los/es, sentint la seva passió i ganes d'aprendre. A més, estic gaudint del procés d'elaboració de nous projectes de recerca, la creació de sinergies dins de l'equip i la redacció de propostes. 
P: Què fas per allunyar-te de la ciència? 
A: Reunir-me amb amics per prendre una copa o sopar. També m'encanten els esports, en particular el bàsquet, el caiac i el ciclisme de muntanya. Per a un dia relaxat, també gaudeixo veient pel·lícules i jugant a jocs de taula. Finalment, m'agrada viatjar i explorar, sobretot quan es combina amb una activitat esportiva.

P: T'agrada estar de tornada a Barcelona? 
A: És clar que sí. Barcelona és especial per múltiples raons. Té un ric rerefons històric, bonics barris amb una arquitectura diversa, una àmplia varietat de restaurants, cafès i una vibrant vida nocturna. La presència de la costa i la proximitat de Collserola i altres zones de muntanya ofereixen l'oportunitat d'escapar del bullici de la vida de la ciutat, fins i tot durant els dies laborables. És també una meravellosa oportunitat per retrobar-me amb els meus amics propers.