The Centre for Genomic Regulation is participating in a new European research initiative that will explore why some wild African suid species can withstand African swine fever (ASF) while domestic pigs succumb to the disease within days. 
 
Dr. Cedric Notredame’s research group will contribute through their expertise in high-throughput bioinformatics and comparative genomics to help shed light on one of the most urgent threats to global animal health 
 
The project, ASF-RESIST, brings together leading groups in animal health, immunology, genomics and virology with the shared goal of identifying the biological factors that allow species such as warthogs, bushpigs and red river hogs to survive ASF. 
 
Understanding this natural resilience could pave the way for better tools to protect domestic pigs, which die rapidly after infection and whose vulnerability has already caused devastating economic losses worldwide. 
 
In China alone, the 2018–2019 epidemic led to the loss of an estimated 300 million pigs, costing over one billion US dollars. Europe has battled repeated outbreaks since the virus re-entered the continent in 2007, and the threat remains persistent. Just days ago, authorities confirmed a new ASF case in a wild boar near Barcelona, highlighting the need for deeper scientific insight and improved prevention strategies. 
 
“The recent detection of African swine fever near Barcelona is a stark reminder that this virus is always at our doorstep. Understanding why some wild suids can carry the virus without getting sick is essential if we want to prevent future outbreaks, protect local biodiversity and safeguard farmers’ livelihoods,” says Dr. Notredame, researcher at the Centre for Genomic Regulation. 
 
Studying pigs without using pigs 
 
Because ASF targets immune cells called macrophages, the ASF-RESIST consortium will use a pioneering stem-cell platform to study the disease without using live animals. 
 
The researchers have generated induced pluripotent stem cells from both domestic pigs and resistant wild African suids, which can be grown in the laboratory into macrophages, the very cells the virus infects. 
 
These lab-grown cells will allow scientists to safely compare how each species detects and responds to the virus. For example, the team can expose the macrophages to ASFV, observe how effectively they sense the infection, measure which immune genes switch on and to what extent, and identify the genetic factors that either block or support viral replication. 
 
Using advanced experimental and imaging tools, the project will catalogue the antiviral mechanisms active in resistant species and then test these genes one by one to pinpoint which can stop the virus. 
The discoveries made through this approach could reveal new antiviral pathways, help identify genetic markers for breeding more resilient pigs, and inform future strategies to protect herds against ASF. 
 
The CRG will support the project by analysing the large amount of RNA-sequencing data generated by the consortium. Dr. Notredame’s team will use computational tools to compare how different pig species respond to the virus at the molecular level, helping identify the genes and pathways that make some animals resistant and others vulnerable. 
 
Notredame’s group is well known for creating tools used worldwide in genomics research, including Nextflow, a system that allows scientists to run complex analyses reliably and at scale, and T-Coffee, a widely used method for comparing DNA and protein sequences. 
 
The ASF-RESIST consortium is coordinated by INRAE (France), led by Dr. Ferdinand Roesch. The project’s partners include Dr. Finn Grey and Dr. Tom Burdon at the Roslin Institute at the University of Edinburgh and Dr. Christopher Netherton at the Pirbright Institute (UK). 
 
ASF-RESIST is funded through the European Partnership on Animal Health and Welfare (EUPAHW), which operates under the European Union’s Horizon Europe research programme. The project is set out to start on December 15th, 2025.
 

EN CASTELLANO

Un equipo del CRG analizará los mecanismos de resistencia natural a la peste porcina africana 

 El Centro de Regulación Genómica (CRG) participa en una nueva iniciativa europea de investigación que estudiará por qué algunas especies africanas de suidos salvajes pueden ser resistentes a la peste porcina africana (PPA), mientras que los cerdos domésticos sucumben a la enfermedad en cuestión de días. 
 
El grupo de investigación del Dr. Cedric Notredame contribuirá con su experiencia en bioinformática de alto rendimiento y genómica comparada, y ayudará a esclarecer una de las amenazas más urgentes para la salud animal a nivel mundial. 
 
El proyecto, ASF-RESIST, reúne a grupos líderes en salud animal, inmunología, genómica y virología con el objetivo común de identificar los factores biológicos que permiten que especies como el facóquero, el potamocero de río, o el potamocero rojo sobrevivan a la PPA. 
 
Comprender esta resistencia natural podría abrir la puerta al desarrollo de mejores herramientas para proteger a los cerdos domésticos, que mueren rápidamente tras la infección y cuya vulnerabilidad ya ha provocado pérdidas económicas devastadoras en todo el mundo. 
 
Solo en China, la epidemia de 2018–2019 provocó unas pérdidas estimadas de 300 millones de cerdos, con un coste superior a mil millones de dólares estadounidenses. Europa se ha enfrentado a brotes repetidos desde que el virus regresó al continente en 2007, y la amenaza sigue siendo persistente.  
 
Hace apenas unos días, las autoridades confirmaron un nuevo caso de PPA en un jabalí en Barcelona, lo que pone de relieve la necesidad de contar con un conocimiento científico más profundo y con mejores estrategias de prevención. 
 
"La detección reciente de la peste porcina africana cerca de Barcelona es un recordatorio contundente de que este virus siempre está a nuestras puertas. Entender por qué algunos suidos salvajes pueden portar el virus sin enfermar es esencial si queremos prevenir futuros brotes, proteger la biodiversidad local y salvaguardar la ganadería", afirma el Dr. Notredame, investigador del CRG. 
 
Estudiar a los cerdos sin usar cerdos 
 
Dado que la PPA ataca a células inmunitarias llamadas macrófagos, el consorcio ASF-RESIST utilizará una plataforma pionera basada en células madre para estudiar la enfermedad sin emplear animales vivos. 
 
El equipo ha generado células madre pluripotentes inducidas tanto de cerdos domésticos como de suidos africanos salvajes resistentes, que pueden transformarse en macrófagos en el laboratorio, es decir, en las mismas células que infecta el virus. 
 
Estas células cultivadas permitirán comparar de forma segura cómo detecta y responde cada especie al virus. Por ejemplo, el equipo podrá exponer los macrófagos al virus de la PPA, observar con qué eficacia detectan la infección, medir qué genes inmunitarios se activan y en qué grado, e identificar los factores genéticos que bloquean o favorecen la replicación viral. 
 
Mediante herramientas experimentales e imagenológicas avanzadas, el proyecto catalogará los mecanismos antivirales presentes en las especies resistentes y evaluará posteriormente estos genes uno a uno para identificar cuáles pueden detener el virus. 
 
Los descubrimientos derivados de este enfoque podrían desvelar nuevas vías antivirales, ayudar a identificar marcadores genéticos para criar cerdos más resistentes e informar sobre futuras estrategias destinadas a proteger los rebaños frente a la PPA. 
 
El CRG respaldará el proyecto mediante el análisis del gran volumen de datos de secuenciación de ARN que se generará en el seno del consorcio. El equipo del Dr. Notredame empleará herramientas computacionales para comparar cómo distintas especies de suidos responden al virus a nivel molecular, ayudando a identificar los genes y rutas que hacen que algunos animales sean resistentes y otros vulnerables. 
 
El grupo de Notredame es reconocido por crear herramientas utilizadas en todo el mundo en investigación genómica, como Nextflow, un sistema que permite ejecutar análisis complejos de forma fiable y a gran escala, y T-Coffee, un método muy utilizado para comparar secuencias de ADN y proteínas. 
 
El consorcio ASF-RESIST está coordinado por INRAE (Francia) y liderado por el Dr. Ferdinand Roesch. Entre los socios del proyecto se encuentran el Dr. Finn Grey y el Dr. Tom Burdon en el Instituto Roslin de la Universidad de Edimburgo, y el Dr. Christopher Netherton en el Instituto Pirbright (Reino Unido). 
 
ASF-RESIST está financiado a través de la European Partnership on Animal Health and Welfare (EUPAHW), que opera en el marco del programa de investigación Horizonte Europa de la Unión Europea. La confirmación de la concesión del proyecto se recibió el pasado lunes 1 de diciembre y está previsto que comience el 15 de diciembre de 2025. 
 

EN CATALÀ

Un equip del CRG analitzarà els mecanismes de resistència natural a la pesta porcina africana

El Centre de Regulació Genòmica (CRG) participa en una nova iniciativa europea d'investigació que estudiarà per què algunes espècies africanes de suids salvatges poden ser resistents a la pesta porcina africana (PPA), mentre que els porcs domèstics sucumbeixen a la malaltia en qüestió de dies. 
 
El grup de recerca del Dr. Cedric Notredame contribuirà amb la seva experiència en bioinformàtica d'alt rendiment i genòmica comparada, i ajudarà a aclarir una de les amenaces més urgents per a la salut animal a nivell mundial. 
 
El projecte, ASF-RESIST, reuneix grups líders en salut animal, immunologia, genòmica i virologia amb l'objectiu comú d'identificar els factors biològics que permeten que espècies com el facoquer, el potamoquer fluvial, o el potamoquer vermell sobrevisquin a la PPA. 
 
Comprendre aquesta resistència natural podria obrir la porta al desenvolupament de millors eines per protegir els porcs domèstics, que moren ràpidament després de la infecció i la vulnerabilitat dels quals ja ha provocat pèrdues econòmiques devastadores a tot el món. 
 
Només a la Xina, l'epidèmia del 2018–2019 va provocar unes pèrdues estimades de 300 milions de porcs, amb un cost superior a mil milions de dòlars estatunidencs. Europa s'ha enfrontat a brots repetits des que el virus va tornar al continent el 2007, i l'amenaça continua essent persistent.  
 
Fa només uns dies, les autoritats van confirmar un nou cas de PPA en un porc senglar a Barcelona, fet que posa de manifest la necessitat de comptar amb un coneixement científic més profund i amb millors estratègies de prevenció. 
 
"La detecció recent de la pesta porcina africana a prop de Barcelona és un recordatori contundent que aquest virus sempre és a les nostres portes. Entendre per què alguns suids salvatges poden portar el virus sense emmalaltir és essencial si volem prevenir futurs brots, protegir la biodiversitat local i salvaguardar la ramaderia", afirma el Dr. Notredame, investigador del CRG. 
 
Estudiar els porcs sense emprar porcs 
 
Atès que la PPA ataca cèl·lules immunitàries anomenades macròfags, el consorci ASF-RESIST utilitzarà una plataforma pionera basada en cèl·lules mare per estudiar la malaltia sense emprar animals vius. 
 
L'equip ha generat cèl·lules mare pluripotents induïdes tant de porcs domèstics com de suids africans salvatges resistents, que poden transformar-se en macròfags al laboratori, és a dir, en les mateixes cèl·lules que infecta el virus. 
 
Aquestes cèl·lules cultivades permetran comparar de forma segura com detecta i respon cada espècie al virus. Per exemple, l'equip podrà exposar els macròfags al virus de la PPA, observar amb quina eficàcia detecten la infecció, mesurar quins gens immunitaris s'activen i en quin grau, i identificar els factors genètics que bloquegen o afavoreixen la replicació viral. 
 
Mitjançant eines experimentals i d’imatgeria avançades, el projecte catalogarà els mecanismes antivirals presents en les espècies resistents i avaluarà posteriorment aquests gens un per un per identificar quins poden aturar el virus. 
 
Els descobriments derivats d'aquest enfocament podrien desvetllar noves vies antivirals, ajudar a identificar marcadors genètics per criar porcs més resistents i informar sobre futures estratègies destinades a protegir aquests animals davant la PPA. 
 
El CRG donarà suport al projecte mitjançant l'anàlisi del gran volum de dades de seqüenciació d'ARN que es generarà en el si del consorci. L'equip del Dr. Notredame emprarà eines computacionals per comparar com diferents espècies de suids responen al virus a nivell molecular, ajudant a identificar els gens i rutes que fan que alguns animals siguin resistents i altres vulnerables. 
 
El grup de Notredame és reconegut per crear eines utilitzades a tot el món en recerca genòmica, com Nextflow, un sistema que permet executar anàlisis complexes de forma fiable i a gran escala, i T-Coffee, un mètode molt utilitzat per comparar seqüències d'ADN i proteïnes. 
 
El consorci ASF-RESIST està coordinat per INRAE (França) i liderat pel Dr. Ferdinand Roesch. Entre els socis del projecte hi ha el Dr. Finn Grey i el Dr. Tom Burdon a l'Institut Roslin de la Universitat d'Edimburg, i el Dr. Christopher Netherton a l'Institut Pirbright (Regne Unit). 
 
ASF-RESIST està finançat a través de la European Partnership on Animal Health and Welfare (EUPAHW), que opera en el marc del programa de recerca Horitzó Europa de la Unió Europea. La confirmació de la concessió del projecte es va rebre el passat dilluns 1 de desembre i està previst que comenci el 15 de desembre de 2025.