L’equip del laboratori d’Eva ha llançat una nova base de dades per contribuir a les diferents iniciatives de recerca a nivell internacional de COVID-19 que s’estan duent a terme. Aquest és un recurs públic i gratuït (https://covid.crg.eu) i el poden fer servir investigadors de tot el món per estudiar com les diferents variacions del virus creixen, muten i produeixen proteïnes. 

Per comprendre com el coronavirus creix, muta i es replica, els científics han de seqüenciar l’ARN de COVID-19. La seqüència d’ARN revela informació crucial sobre les proteïnes que produeix el virus per envair les cèl·lules humanes i replicar-se, això també informa als governs sobre la taxa d’infecció i la gravetat de la pandèmia. 

Les eines de seqüenciació tradicionals poden trigar molt a donar resultats. Els últims anys, la seqüenciació de dades en temps real s’ha convertit en una realitat gràcies a la utilització de tecnologies de seqüenciació mitjançant nanopors, revolucionant la recerca genòmica i el monitoratge de brots de malalties. La seqüenciació mitjançant nanopors proporciona a científics i clínics accés immediat a la informació de seqüència d’ADN i ARN de qualsevol cèl·lula viva en temps real, això permet una resposta ràpida contra l’amenaça d’una pandèmia. 

Tot i això, les dades en brut produïdes per la seqüenciació mitjançant nanopors són altament complexes. Actualment, els científics i els metges no tenen pautes sistemàtiques per a l’anàlisi reproduïble de les dades cosa que limita el gran potencial d’aquesta nova tecnologia. 

Per a estandarditzar l’anàlisi de les dades disponibles públicament de seqüenciació mitjançant nanopors de SARS-CoV-2, els investigadors del CRG a Barcelona estan fent servir MasterOfPores, un programa informàtic desenvolupat pel grup d’Eva Novoa i la Unitat de Bioinformàtica del CRG. 

MasterOfPores es pot executar a qualsevol operatiu compatible amb Unix en un ordinador, clúster o núvol sense la necessitat d’instal·lar cap software addicional, i està disponible gratuïtament a Github. Aquest recurs públic i gratuït ja ha analitzat 3 TB de dades de seqüenciació mitjançant nanopors d’ARN de SARS-CoV-2.

Nota de premsa relacionada (27/03/2020): El CRG estandarditza l’anàlisi de dades de COVID-19 per ajudar a les iniciatives internacionals de recerca