Se encuentra usted aquí

    • You are here:
    • Inicio > Boosting machine learning skills to speed up proteomics research

Boosting machine learning skills to speed up proteomics research

NewsNEWS

21
Dec
Lun, 21/12/2020 - 09:55

Boosting machine learning skills to speed up proteomics research

Scientists at the Proteomics Unit

The CRG, together with ten other European partners, will start a new programme to train a new generation of researchers with the latest machine learning and data visualization skills to boost this burgeoning research field.

EN ESPAÑOL | EN CATALÀ

A new generation of researchers will be trained with a comprehensive set of computational skills, including state-of-the-art machine learning and data visualization techniques, to study proteins in living organisms.

Proteins are the building blocks of life, giving cells structure, catalysing reactions through enzymes or fighting off infections through antibodies. Therefore, the study of the set of proteins of the cell—the cellular proteome—and unravelling their interactions and dynamics plays a vital role in the diagnosis of human diseases, as well as the development of new treatments for conditions as varied as dementia or cancer.

Thanks to rapid advances in machine learning and data visualization, researchers have now the unprecedented opportunity to mine large datasets to advance into a better understanding of the proteome and its interaction with the underlying genes. The new processing algorithms can reveal hidden structures, interactions, and protein modifications, while interactive and highly-visual tools open new experimental possibilities with the integration and presentation of proteomics data with other molecular information.

The Centre for Genomic Regulation (CRG), together with ten other European research institutes, small businesses and industry partners, will start a new programme to train a new generation of researchers with the latest machine learning and data visualization skills to boost this burgeoning research field.

The PhD students enrolled within this programme will also gain other transferable, technical skills related to mass spectrometry, data processing, science communication, data management, and responsible research and innovation.

The international consortium will be led by Eduard Sabidó, Head of the Proteomics Unit of the CRG and the Universitat Pompeu Fabra, and will be receiving 4 million euros to start the programme in January 2021.

Eduard Sabidó, scientist-in-charge of the training programme says:

“In PROTrEIN we have put together an ambitious scientific and training programme to tackle the challenges in proteomics research and the training of highly valuated computational researchers.”

Sergi Beltran, Head of Bioinformatics Unit and the Data Analysis Team at the Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG), who will lead one of the projects, says:

“The ITN will contribute to scientifically and technically advance the field while providing a training framework, but it will also have a direct return to society, as we aim to help with the diagnosis of some rare disease patients.”

The programme – named PROTrEIN – will be funded by the Marie Skłodowska-Curie Innovative Training Networks (ITN), a highly competitive part of the European Union’s Horizon 2020 research funding scheme. ITNs bring together universities, research institutes and other sectors from across the world to train researchers to doctorate level. A total of 114 projects will be funded in this call, which had a success rate of 8.9%.

PROTrEIN opens a call today to recruit 15 PhD students at labs based in Spain, France, Denmark, Germany, Belgium, Austria and Finland. Applicants can be of any nationality but must satisfy the eligibility requirements for the MSCA-ITN Programme. The call is open until the 31st of January 2021, an application is solely possible via the PROTrEIN application form.


EN ESPAÑOL

Impulso al ‘machine learning’ para acelerar la investigación proteómica

Una nueva generación de equipos de investigación se formará en habilidades computacionales, incluidas las nuevas técnicas de visualización de datos y ‘machine learning’ – el aprendizaje automático de máquinas – de vanguardia. El programa que lo hará posible impulsará el estudio de proteínas en los organismos vivos.

Las proteínas son los componentes básicos de la vida, que dan estructura a las células, catalizan reacciones a través de enzimas o combaten infecciones mediante anticuerpos. El estudio del conjunto de proteínas de la célula es conocido como el proteoma celular. La resolución de sus interacciones y dinámicas juega un papel vital en el diagnóstico de enfermedades humanas, así como en el desarrollo de nuevos tratamientos para afecciones tan variadas como la demencia o el cáncer.

Gracias a los rápidos avances en el aprendizaje automático y la visualización de datos, los equipos de investigación tienen ahora una oportunidad sin precedentes para extraer grandes conjuntos de datos que les permitan comprender el proteoma y su interacción con los genes subyacentes. Los nuevos algoritmos de procesamiento pueden revelar estructuras ocultas, interacciones y modificaciones de proteínas, mientras que las herramientas interactivas y altamente visuales abren nuevas posibilidades experimentales gracias a la integración y presentación de datos proteómicos con otra información molecular.

El Centro de Regulación Genómica (CRG), junto con otros diez institutos de investigación europeos, pequeñas empresas y socios industriales, iniciará un nuevo programa para formar a una nueva generación de equipos de investigación sobre los recursos más novedosos en aprendizaje automático y visualización de datos para impulsar este floreciente campo de investigación.

Los estudiantes de doctorado inscritos en este programa también adquirirán otras habilidades técnicas transferibles relacionadas con la espectrometría de masas, el procesamiento de datos, la comunicación científica, la gestión de datos y la investigación e innovación responsables.

El consorcio internacional estará liderado por Eduard Sabidó, responsable de la Unidad de Proteómica del CRG y la Universitat Pompeu Fabra (UPF), y recibirá 4 millones de euros para iniciar el programa en enero de 2021.

Eduard Sabidó, científico responsable del programa de formación afirma:

“En PROTrEIN hemos elaborado un ambicioso programa científico y formativo para abordar los retos de la investigación proteómica y la formación de investigadores computacionales altamente valorados”.

Sergi Beltran, jefe de la Unidad de Bioinformática y del Equipo de Análisis de Datos del Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG), y líder de uno de los proyectos comenta:

“Esta ITN contribuirá al avance científico y técnico del campo a la vez que ofrece un marco de formación. También tendrá un retorno directo a la sociedad, ya que nuestro objetivo es ayudar con el diagnóstico de algunos pacientes con enfermedades raras.”

El programa, denominado PROTrEIN, está financiado por las redes de formación innovadora Marie Skłodowska-Curie (ITN, por sus siglas en inglés), y es una ayuda competitiva parte del programa de investigación Horizonte 2020 de la Unión Europea. Las ITN reúnen a universidades, institutos de investigación y otros sectores por todo el mundo para formar investigadores a nivel de doctorado. En esta convocatoria se financiarán un total de 114 proyectos, que tuvieron una tasa de éxito del 8,9%.

PROTrEIN abre hoy una convocatoria para reclutar a 15 estudiantes de doctorado en laboratorios ubicados en España, Francia, Dinamarca, Alemania, Bélgica, Austria y Finlandia. Los candidatos pueden ser de cualquier nacionalidad, pero deben cumplir con los requisitos de elegibilidad para el programa MSCA-ITN. La convocatoria está abierta hasta el 31 de enero de 2021 y la solicitud solo puede realizarse a través del formulario de solicitud de PROTrEIN.


EN CATALÀ

Impuls al ‘machine learning’ per accelerar la recerca proteòmica

Una nova generació d’equips de recerca es formarà en habilitats computacionals, incloses les noves tècniques de visualització de dades y ‘machine learning’ –l’aprenentatge automàtic de les màquines- d’avantguarda. El programa que ho farà possible impulsarà l’estudi de proteïnes als organismes vius.

Les proteïnes són els components bàsics de la vida, que donen estructura a les cèl·lules, catalitzen reaccions a través d’enzims o combaten infeccions mitjançant anticossos. L’estudi del conjunt de proteïnes de la cèl·lula és conegut com el proteoma cel·lular. La resolució de les seves interaccions i dinàmiques juga un paper vital en el diagnòstic de malalties humanes, així com en el desenvolupament de nous tractaments per a afeccions tan variades com la demència o el càncer.

Gràcies als ràpids avenços en l’aprenentatge  automàtics i la visualització de dades, els equips de recerca tenen ara una oportunitat sense precedents per extraure grans conjunts de dades que els permetin comprendre el proteoma i la seva interacció amb els gens subjacents. Els nous algoritmes de processament poden revelar estructures ocultes, interaccions i modificacions de proteïnes, mentre que les eines interactives i altament visuals obren noves possibilitats experimentals gràcies a la integració i presentació de dades proteòmiques amb d’altra informació molecular.

El Centre de Regulació Genòmica (CRG), juntament amb deu instituts de recerca europeus, petites empreses i socis industrials, iniciarà un nou programa per a formar una nova generació d’equips de recerca sobre els recursos més innovadors en aprenentatge automàtic i visualització de dades per a impulsar aquest florent camp de recerca.

Els estudiants de doctorat inscrits en aquest programa també adquiriran d’altres habilitats tècniques transferibles relacionades amb l’espectrometria de masses, el processament de dades, la comunicació científica, la gestió de dades i la recerca i innovació responsables.

El consorci internacional estarà liderat per l’Eduard Sabidó, responsable de la Unitat de Proteòmica del CRG i la Universitat Pompeu Fabra (UPF), i rebrà 4 milions d’euros per a iniciar el programa al gener de 2021.

Eduard Sabidó, científic responsable del programa de formació afirma:

“A PROTrEIN hem elaborat un ambiciós programa científic i formatiu per abordar els reptes de la recerca proteòmica i la formació d’investigadors computacionals altament valorats”.

Sergi Beltrán, cap de la Unitat de Bioinformàtica i de l’Equip d’Anàlisis de Dades del Centre Nacional d’Anàlisis Genòmica (CNAG-CRG), i líder d’un dels projectes, comenta:

“Aquesta ITN contribuirà a l’avenç científic i tècnic del camp alhora que ofereix un marc de formació. També tindrà un retorn directe a la societat, ja que el nostre objectiu és ajudar amb el diagnòstic d’alguns pacients amb malalties rares.”

El programa, denominat PROTrEIN, està finançat per les xarxes de formació innovadora Marie Skłodowska-Curie (ITN, per les seves sigles en anglès), un és un ajut competitiu part del programa de recerca Horitzó 2020 de la Unió Europea. Les ITN reuneixen universitats, instituts de recerca i d’altres sectors per tot el món per a formar investigadors a nivell de doctorat. En aquesta convocatòria es finançaran un total de 114 projectes, que van tenir una taxa d’èxit del 8,9%.

PROTrEIN obre avui una convocatòria per a reclutar 15 estudiants de doctorat en laboratoris ubicats a Espanya, França, Dinamarca, Alemanya, Bèlgica, Àustria i Finlàndia. Els candidats poden ser de qualsevol nacionalitat, però han de complir amb els requisits d’elegibilitat pel programa MSCA-ITN. La convocatòria està oberta fins el 31 de gener i la sol·licitud només pots realitzar-se a través del formulari de sol·licitud de PROTrEIN.