Se encuentra usted aquí

    • You are here:
    • Inicio > Unprecedented data sharing driving new rare disease diagnoses in Europe

Unprecedented data sharing driving new rare disease diagnoses in Europe

NewsNEWS

01
Jun
Mar, 01/06/2021 - 12:13

Unprecedented data sharing driving new rare disease diagnoses in Europe

Sergi Beltran and Leslie Matalonga pictured in front of the dedicated servers hosting the RD-Connect GPAP platform, which manages over 500TB of sequencing data. The platform is located at the CNAG-CRG facilities in the Parc Cientific de Barcelona.

EN CASTELLANO/EN CATALÀ

Rare disease experts detail the first results of an unprecedented collaboration to diagnose people living with unsolved cases of rare diseases across Europe. The findings are published today in a series of six papers published in the European Journal of Human Genetics.

In the main publication, an international consortium, known as Solve-RD, explains how the periodic reanalysis of genomic and phenotypic information from people living with a rare disease can boost the chance of diagnosis when combined with data sharing across European borders on a massive scale. Using this new approach, a preliminary reanalysis of data from 8,393 individuals resulted in 255 new diagnoses, some with atypical manifestations of known diseases.

A complementary study describes the method in more detail and four accompanying case studies showcase the advantages of the approach. In one case study, researchers used the method to identify a new genetic form of pontocerebellar hypoplasia type 1 (PCH1), a genetic disease that affects the development of the brain. PCH1 is normally linked to mutations in four known genes. The researchers used the method to identify a new variant in a fifth gene.

In another case study, researchers used the method on an individual with a complex neurodevelopmental disorder and found the disease was caused by a new genetic variant in mitochondrial DNA. This went previously undetected because the patient did not present typical symptoms of a mitochondrial disorder. The diagnosis will help tailor treatment for the individual, as well as inform their family members on the possibility of passing it on to future generations.

Key to the reanalysis of unsolved cases is the RD-Connect Genome-Phenome Analysis Platform, which is developed, hosted and coordinated by the Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG), part of the Centre for Genomic Regulation (CRG), based in Barcelona.

Recognised officially by the International Rare Diseases Research Consortium and funded by the EU, Spanish and Catalan governments, the RD-Connect GPAP provides authorised clinicians and researchers with secure and controlled access to pseudonymised genomic data and clinical information from patients with rare diseases. The platform enables the secure, fast and cost-effective automated re-analysis of the thousands of undiagnosed patients and relatives entering the Solve-RD project.

According to Sergi Beltran, co-leader of Solve-RD data analysis and Head of the Bioinformatics Unit at CNAG-CRG, “Solve-RD has shown that it is possible to securely share large amounts of genomics data internationally for the benefit of the patients. The work we are publishing today is just the tip of the iceberg, since many more patients are being diagnosed thanks to the innovative methods developed and applied within Solve-RD".

An estimated 30 million people in Europe are affected by a rare disease during their lifetime. More than 70% of rare diseases have a genetic cause. However, around 50% of patients with a rare disease remain undiagnosed even in advanced expert clinical settings that use techniques such as genome sequencing.

At the same time, scientists around the world are finding an average of 250 new gene-disease associations and 9,200 variant-disease associations per year. As scientific understanding expands, reanalysing data periodically can help people receive a diagnosis.

The consortium, which consists of more than 300 researchers and clinicians in fifteen countries, and who collectively see more than 270,000 rare disease patients each year, aims to eventually diagnose more than 19,000 unsolved cases of rare diseases with an unknown molecular cause. Their preliminary findings are an important first step for the development of a European-wide system to facilitate the diagnosis rare diseases, which can be a long and arduous process.

"Solve-RD - solving the unsolved rare diseases" is a research project funded by the European Commission for five years (2018-2022). The consortium, which consists of 21 European academic institutions and 1 academic partner from the United States, is jointly coordinated by the University of Tübingen in Germany, Radboud University Medical Centre in the Netherlands and the University of Leicester in the UK. The Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) in Barcelona is the main partner in Spain.

EN CASTELLANO

El intercambio de datos impulsa nuevos diagnósticos de enfermedades raras en Europa

Expertos en enfermedades raras explican los primeros resultados de una colaboración sin precedentes para diagnosticar a las personas que viven con enfermedades raras no diagnosticadas en Europa. Los resultados se publican hoy en un conjunto de seis artículos en la revista European Journal of Human Genetics.

En la publicación principal, un consorcio internacional conocido como Solve-RD, explica cómo el reanálisis periódico de la información genómica y fenotípica de personas que viven con una enfermedad rara puede aumentar las posibilidades de diagnóstico cuando se combina con el intercambio de datos a gran escala. Con este nuevo enfoque, un reanálisis preliminar de datos de 8.393 personas dio como resultado 255 nuevos diagnósticos, algunos con manifestaciones atípicas de enfermedades conocidas.

Un estudio complementario describe el método con más detalle y cuatro estudios sobre casos concretos muestran las ventajas del enfoque. En el estudio de un de estos casos, los equipos de investigación utilizaron el método para identificar una nueva forma genética de hipoplasia pontocerebelosa tipo 1 (PCH1), una enfermedad genética que afecta el desarrollo del cerebro. PCH1 normalmente está relacionado con mutaciones en cuatro genes conocidos. Los investigadores utilizaron el método para identificar una nueva variante en un quinto gen.

En otro estudio de paciente diagnosticado, el equipo de investigación utilizó el método en un caso de trastorno complejo del desarrollo neurológico y encontró que la enfermedad era causada por una nueva variante genética en el ADN mitocondrial. Esto no se detectó previamente porque el paciente no presentaba síntomas típicos de un trastorno mitocondrial. El diagnóstico ayudará a adaptar el tratamiento al individuo, así como a informar a sus familiares sobre la posibilidad de transmitirlo a las generaciones futuras.

La clave para el reanálisis de casos no resueltos es la plataforma de análisis RD-Connect GPAP, coordinada y desarrollada por el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG), parte del Centro de Regulación Genómica (CRG), con sede en Barcelona.

Reconocida oficialmente por el Consorcio Internacional de Investigación de Enfermedades Raras y financiada por los gobiernos de la UE, España y Cataluña, la RD-Connect GPAP proporciona a los equipos clínicos e investigadores autorizados un acceso seguro y controlado a datos genómicos seudonimizados e información clínica de pacientes con enfermedades raras. La plataforma permite el reanálisis automático seguro y rápido de los miles de pacientes no diagnosticados y de sus familiares que ingresan al proyecto Solve-RD.

Según Sergi Beltran, co-líder del grupo de análisis de datos de Solve-RD y jefe de la Unidad de Bioinformática del CNAG-CRG, “Solve-RD ha demostrado que es posible compartir de forma segura grandes cantidades de datos genómicos a nivel internacional para el beneficio de los pacientes. El trabajo que publicamos hoy es solo la punta del iceberg, ya que muchos más pacientes están siendo diagnosticados gracias a los métodos innovadores desarrollados y aplicados dentro de Solve-RD”.

Se estima que 30 millones de personas en Europa se ven afectadas por una enfermedad rara durante su vida. Más del 70% de las enfermedades raras tienen una causa genética. Sin embargo, alrededor del 50% de los pacientes con una enfermedad rara permanecen sin diagnosticar incluso en entornos clínicos expertos avanzados que utilizan técnicas como la secuenciación del genoma.

Al mismo tiempo, los equipos científicos de todo el mundo están encontrando un promedio de 250 nuevas asociaciones entre genes y enfermedades y 9.200 asociaciones de variantes de enfermedades por año. A medida que se amplía el conocimiento científico, volver a analizar los datos periódicamente puede ayudar a las personas a recibir un diagnóstico.

El consorcio, que consta de más de 300 investigadores y médicos en quince países, y que en conjunto atienden a más de 270.000 pacientes con enfermedades raras cada año, tiene como objetivo diagnosticar eventualmente más de 19.000 casos no resueltos de enfermedades raras con una causa molecular desconocida. Sus hallazgos preliminares son un primer paso importante para el desarrollo de un sistema europeo que facilite el diagnóstico de enfermedades raras, que puede ser un proceso largo y arduo.

"Solve-RD - resolviendo las enfermedades raras no resueltas" es un proyecto de investigación financiado por la Comisión Europea durante cinco años (2018-2022). El consorcio, que consta de 21 instituciones académicas europeas y 1 socio académico de los Estados Unidos, está coordinado conjuntamente por la Universidad de Tübingen en Alemania, el Centro Médico de la Universidad Radboud en los Países Bajos y la Universidad de Leicester en el Reino Unido. El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) de Barcelona es el principal socio en España.

EN CATALÀ

L’intercanvi de dades impulsa nous diagnòstics de malalties minoritàries a Europa

Experts en malalties minoritàries expliquen els primers resultats d'una col·laboració sense precedents per a diagnosticar a les persones que viuen amb malalties minoritàries no diagnosticades a Europa. Els resultats es publiquen avui en un conjunt de sis articles a la revista European Journal of Human Genetics.

A la publicació principal, un consorci internacional conegut com a Solve-RD explica com la reanàlisi periòdica de la informació genòmica i fenotípica de persones que viuen amb una malaltia minoritària pot augmentar les possibilitats de diagnòstic quan es combina amb un intercanvi de dades a gran escala. Amb aquest nou enfocament, una reanàlisi preliminar de dades de 8.393 persones va donar lloc a 255 nous diagnòstics, alguns amb manifestacions atípiques de malalties conegudes.

Un estudi complementari descriu el mètode amb més detall i els estudis de quatre casos pràctics mostren els avantatges de l'enfocament. En l'estudi d'un d'aquests casos, els equips de recerca van utilitzar el mètode per identificar una nova forma genètica d'hipoplàsia pontocerebel·losa de tipus 1 (PCH1), una malaltia genètica que afecta el desenvolupament cerebral. El PCH1 sol estar relacionat amb mutacions en quatre gens coneguts. Els investigadors van utilitzar el mètode per identificar una nova variant en un cinquè gen.

En un altre estudi de pacients diagnosticats, l'equip investigador va utilitzar el mètode en un cas de trastorn complex del desenvolupament neurològic i va trobar que la malaltia era causada per una nova variant genètica en l'ADN mitocondrial. Això no es va detectar prèviament perquè el pacient no presentava símptomes propis d'un trastorn mitocondrial. El diagnòstic ajudarà a adaptar el tractament a la persona, així com a informar les seves famílies sobre la possibilitat de transmetre'l a les generacions futures.

La clau per a la reanàlisi de casos no resolts és la plataforma d'anàlisi RD-Connect GPAP,  coordinada i desenvolupada pel Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG), que forma part del Centre de Regulació Genòmica (CRG), amb seu a Barcelona.

Reconeguda oficialment pel Consorci Internacional de Recerca en Malalties Rares i finançada pels governs de la UE, Espanya i Catalunya, l’RD-Connect GPAP proporciona als equips clínics i de recerca autoritzats un accés segur i controlat a dades genòmiques pseudonimitzades i informació clínica de pacients amb malalties minoritàries. La plataforma permet una reanàlisi automàtica segura i ràpida dels milers de pacients no diagnosticats que entren al projecte Solve-RD i dels seus familiars.

Segons Sergi Beltran, codirector del grup d'anàlisi de dades de Solve-RD i cap de la Unitat de Bioinformàtica del CNAG-CRG, "Solve-RD ha demostrat que és possible compartir de manera segura grans quantitats de dades genòmiques a escala internacional en benefici dels pacients. El treball que publiquem avui dia és només la punta de l'iceberg, ja que molts més pacients estan sent diagnosticats gràcies a mètodes innovadors desenvolupats i aplicats dins de Solve-RD."

S'estima que 30 milions de persones a Europa es veuen afectades per una malaltia minoritària durant la seva vida. Més del 70% de les malalties minoritàries tenen una causa genètica. No obstant això, al voltant del 50% dels pacients amb malalties minoritàries romanen sense diagnosticar fins i tot en entorns clínics experts avançats que utilitzen tècniques com la seqüenciació del genoma.

Al mateix temps, equips científics de tot el món estan trobant una mitjana de 250 noves associacions entre gens i malalties i 9.200 associacions variants de malalties a l'any. A mesura que el coneixement científic s'expandeix, tornar a analitzar les dades periòdicament pot ajudar a diagnosticar les persones.

El consorci, format per més de 300 investigadors i metges de quinze països, atén cada any més de 270.000 pacients amb malalties minoritàries i té com a objectiu acabar diagnosticant més de 19.000 casos no resolts de malalties minoritàries amb una causa molecular desconeguda. Les seves troballes preliminars són un primer pas important en el desenvolupament d'un sistema europeu que faciliti el diagnòstic de malalties minoritàries, que pot ser un procés llarg i ardu.

"Solve-RD - resolució de malalties rares no resoltes" és un projecte de recerca finançat per la Comissió Europea durant cinc anys (2018-2022). El consorci, format per 21 institucions acadèmiques europees i 1 soci acadèmic dels Estats Units, està coordinat conjuntament per la Universitat de Tübingen a Alemanya, el Centre Mèdic de la Universitat de Radboud als Països Baixos i la Universitat de Leicester al Regne Unit. El Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG) de Barcelona és el soci principal d'Espanya.